Яндекс.Кошелек — это Кошелек, доступ к которому осуществляется через сайт Яндекс.Денег. Им можно пользоваться с любого компьютера. Интернет.Кошелек — это программа, которая устанавливается на ваш компьютер. Можно установить копии Интернет.Кошелька на несколько компьютеров. Вы можете пользоваться более удобной для вас версией, но помните, что с помощью программы нельзя получить доступ к Яндекс.Кошельку, а с помощью веб-интерфейса — к Интернет.Кошельку. Нужно выбрать что-то одно или завести два разных Кошелька, независимых друг от друга.

Способы ввода и вывода денег совпадают для Яндекс.Кошельков и Интернет.Кошельков, различается только способ управления Кошельком (веб-интерфейс или программа). И те, и другие Кошельки входят в одну и ту же систему Яндекс.Деньги. При вводе денег в систему не нужно указывать тип своего Кошелька, так как нумерация Яндекс.Кошельков и Интернет.Кошельков не пересекается.